既に今更感がありますがAsTrayPlus1.3beta2を紹介します。
今回のバージョンから遂に1000x600の解像度を無理矢理実現させることが出来るようになります。
ダウンロード先
http://rapidshare.com/files/98405999/AsTray1.3b2.zip.html
http://www.dvdshrink.info/temp/eeePC/AsTray1.3b2.zap
↑
下のアドレスはDVDShrinkの作者様が用意してくれたミラーです。zap→zipへ変更してください。
導入方法
・公式GMAドライバ、LT氏のMODドライバ、どれでも良いらしいですが真相は不明。私はLT氏のMODドライバ（ASUS）を使用。
追記
標準でインストールされているドライバはNG
・画面のプロパティ→設定→詳細設定→モニタ→このモニタでは表示できないモードを隠すのチェックを外す
・色は16ビットカラーに落としておくとGOOD。32ビットでも上手くいくが文字が潰れる可能性あり。8ビットはNG。
・AsTray1.3b2.zipを好きな場所へ展開。Program Files辺りだと間違えて消してしまう可能性は少ないかも？
・AsTrayPlusとDrvActiveを実行→1000x600&Downscalingにチェックを入れる（この時点で1000x600になっていると思います）
・AsTrayPlusをショートカットに登録
通常使用
・起動→タスクトレイを右クリックで1000x600を選択
・1000x600モードになりました
DrvActiveは毎回起動する必要は無いみたいです。また、ASUS純正のAsTrayを上書きする人が多い気がしますがこちらも実は任意です。私は2つのAsTrayを共存させました。
少し補足
AsTray→AsTrayPlusの順番じゃないとダメなので起動の順番は注意してください
逆だと800x480に戻されてしまいます。ダメな時はmsconfigでAsTrayをスタートアップから外します。
さて、（私の環境では）↑のやり方では起動直後1000x600になりませんでした。AsTrayPlusは出来るだけ遅く起動させる必要があるみたいです。
AsTrayに遅延させるパラメータを入れてやったのですが上手くいきません(-_-;)
そこで私はStartupEXというスタートアップを管理するソフトを用いて解決させました。
http://www.vector.co.jp/soft/win95/util/se048060.html
StartupEX導入方法（AsTrayPlus導入後を想定）
・AsTrayPlusを既にスタートアップへ登録している場合は削除（StartupEXを仲介して呼び出すので）
・StartupEXを好きな場所へ展開。AsTrayPlusと同じくProgram Filesがオススメ。
・実行ファイルは2つありますがStartupEX.exeを起動
・初期設定をクリックしてStartupEXをスタートアップに登録を実行
・（私の場合は）遅延挿入を10秒→AsTrayPlusを実行としました
・保存終了をクリックしてソフトを終了
・再起動して確認（ダイアログが表示されるのでそれを参考に遅延時間を調節すると良いかも）
＜AsTrayPlus、AsTray両方ともStartupEXで管理する＞
AsTrayにこだわる理由はカメラOFFにしたいからです(^_^;)
msconfigでASUS純正のAsTrayのチェックを外す→再起動
StartupEXを
遅延3秒
AsTray
遅延5～10秒
AsTrayPlus
という感じにします。（コロコロかわってすんません）
順番をちゃんと決めているのにわざわざ遅延を入れる理由は？
CPUがフル稼働中のスタートアップ時はタイミングがズレてしまうから。